Amélie Nothomb est un des deux personnages de Péplum, roman de science-fiction publié en 1997. Lors d'une discussion avec un ami, la jeune romancière A.N. pense que l'ensevelissement de Pompéi sous les cendres du Vésuve, en 79 après Jésus-Christ, a été le plus beau cadeau qui ait été offert aux archéologues. Elle découvre que Pompéi n'aurait pas été détruite par hasard. En provoquant l'éruption du Vésuve, des scientifiques du futur auraient voulu préserver un joyau historique de l'humanité. Pour avoir deviné un des plus gros secrets du futur, A.N. est enlevée pendant un bref séjour à l'hôpital, et se réveille au XXVIème siècle face à un savant du nom de Celsius, instigateur de la destruction de Pompéi. Le livre se présente sous la forme d'une discussion entre ces deux personnages que tout oppose, où il sera question de la grande guerre du XXIIème siècle, du réel et du virtuel, de voyages dans le passé, mais aussi d'art, de philosophie et de morale.

Lors d'un forum organisé par la FNAC en septembre 2002, Amélie Nothomb a déclaré que Péplum était le plus autobiographique de ses livres. La romancière se met en effet en scène, mais dans une histoire de science-fiction totalement imaginaire. Cependant, on peut reconnaître, au-delà des initiales de son nom, sa personnalité et certaines interrogations qui peuvent l'habiter, comme le désir de tout écrivain de passer à la postérité, dont il est question dans le roman. Péplum correspond à une case aveugle du tableau de Philippe Lejeune. Le personnage porte les initiales de l'auteur et est reconnaissable comme étant Amélie Nothomb, alors qu'un pacte romanesque est établi puisqu'il s'agit d'un roman de science-fiction. On peut alors considérer que le roman est une autofiction. SI l'écriture autofictionnelle du Sabotage amoureux, de Stupeur et tremblements et de Métaphysique des tubes est à rapprocher de "l'autobiographie romancée", dans le sens où la vie de l'auteur est racontée sur un mode mi-véridique mi-fictif, dans Péplum, l'auteur est fictionnalisé. Une des marques évidentes de l'autofiction est caractérisée par l'omniprésence de l'auteur, qui instaure un jeu du dévoilement ou de cache-cache grâce aux procédés de l'onomastique. Ici, le nom propre est masqué par un jeu d'homonymie. L'usage de l'homonymie qui gênait le processus autobiographique par le décalage instauré avec l'auteur, se révèle être pour l'autofiction un partenaire de premier choix en tant qu'il permet justement ce détachement de l'auteur homme social envers l'auteur narrateur. Péplum répond à la définition de Vincent Colonna, selon laquelle l'autofiction serait "le fait pour un écrivain de se mettre en scène". L'autofiction n'a ici aucune intention autobiographique.

Amélie Nothomb est également présente en tant que personnage dans son dernier roman publié en 2002, Robert des noms propres. Ce roman est la biographie romancée de la chanteuse Robert, qui est une amie proche de l'auteur. Amélie Nothomb apparaît à la fin du roman et Robert la tue. Cependant, Robert et son mari ont du mal à se débarrasser du corps et Amélie Nothomb encombre leur couple même après sa mort. Ici, même si les intentions de l'auteur ne sont pas purement autobiographiques, Amélie Nothomb n'ayant pas été assassinée par Robert, cette pirouette littéraire rocambolesque permet à l'auteur de mentionner sa relation avec la chanteuse. De plus, la sortie du roman coïncide avec la sortie de l'album de Robert, intitulé Celle qui tue, dont la pochette est illustrée par une photo de la chanteuse tenant un fusil. La chanson qui a donné son titre à l'album fut écrite par Amélie Nothomb, tout comme cinq autres chansons. Sur la quatrième de couverture de Robert des noms propres, Amélie Nothomb écrit :